V roce 1990 byl COMENIUS vybrán, aby ve vile Bertramka (původně vinařská usedlost) uspořádal a propagoval cyklus kulturních akcí u příležitostí dvoustého výročí úmrtí W.A. Mozarta v roce 1991. Mozart měl k Praze velmi vřelý vztah a ve vile Bertramka po určitou dobu také žil. Právě zde složil část opery Don Giovanni a rovněž i jiná díla.
Již od roku 1991 COMENIUS v této vile, která je jedinečným Mozartovým památníkem, v souladu s historickými vazbami pořádá a propaguje rozmanité kulturní události. Během tohoto období společnost do památníku investovala nemalé finanční prostředky, práci a usílí. Právě díky této péči je budova i její okolí v takovém stavu, že se zcela oprávněně staly jedním z pokladů Prahy.
COMENIUS na Bertramce pečuje o expozici W.A. Mozarta a manželů Duškových a pořádá koncerty a jiné kulturní akce. Toto pozoruhodné místo navštívilo během doby, kdy je spravuje COMENIUS, více než půl milionu návštěvníků z celého světa.
Od 1. listopadu 2009 je Muzeum W. A. Mozarta a manželů Duškových na Bertramce uzavřeno. Až do odvolání nebude možné navštívit expozici muzea, koncerty či Café Bertramka. Ukončeny byly i všechny naše další aktivity jako poskytování pronájmů prostor či pořádání svateb. Chtěli bychom všem poděkovat za léta přízně a podpory!